Les Anishnabe (Algonquins) ont donné à M. Jean-André Cuoq le nom de Nij-Kwenatc-anibic, qui signifie « second Bellefeuille » en mémoire du missionnaire sulpicien Louis-Charles Lefevre de Bellefeuille. Il est nommé par les Haudenosaunne (Iroquois) Orakwanentakon, « étoile fixe ». En plus des études théologiques, il est attiré par la littérature et les langues étrangères; il apprend l’espagnol et en donne des leçons. Il est ordonné prêtre le 20 décembre 1845 et arrive à Montréal le 21 novembre 1846. En 1847, il se retrouve à la Mission du Lac des Deux Montagnes (Oka) où il réside toute sa vie, à l’exception d’un premier voyage à Montréal en 1859 et d’un second à Baltimore en 1860.

Tout en s’initiant et en pratiquant les langues avec les Anishnabe de la Mission, il s’intéresse aux manuscrits d’anciens missionnaires et aux travaux de ses collègues sulpiciens. M. Cuoq supervise l’édition ou la réimpression d’ouvrages religieux composés par ses prédécesseurs, notamment ceux de M. Flavien Durocher (Sulpicien et Oblat), qu’il destine aux fidèles de sa mission. Il assimile également le kanienke’a:ka (mohawk) avec M. Joseph Marcoux, curé à Caughnawaga (Kahnawà:ke), et copie le dictionnaire dans cette langue que celui-ci vient d’achever. Il compose et publie un syllabaire suivi de cantiques, uniquement en iroquois. De 1862 à 1865, il fait paraître plusieurs ouvrages religieux, autant pour les Anishnabe que les Haudenosaunee de la Mission du Lac des Deux Montagnes (Oka).

En 1863, M. Cuoq répond publiquement à l’article de M. Ernest Renan qui critique sévèrement les langues autochtones. Il signe son texte par les initiales N. O., les deux premières lettres de ses deux noms autochtones. Par la suite, M. Cuoq continue ses travaux comparatifs sur les langues autochtones et publie, en 1866, ses « Études philologiques sur quelques langues sauvages de l’Amérique ». Grâce à cet ouvrage, il se fait connaître des milieux lettrés d’outre-Atlantique. De 1872 à 1883, il publie des articles et des ouvrages religieux qui traitent principalement des langues algonquines.

Après l’incendie de l’église et du presbytère de la Mission du Lac des Deux Montagnes, en 1877, M. Cuoq revient à Montréal. Cinq ans plus tard, il reprend le Lexique de la langue iroquoise dans lequel il ajoute des notes, des citations et fait des emprunts à M. Marcoux. De la même façon, en 1886, il retouche le Lexique de la langue algonquine en se basant sur le dictionnaire algonquin-français de Jean-Baptiste Thavenet. La Société royale du Canada, qui l’accueille en 1888, publie ses derniers articles : « Grammaire de la langue algonquine », en 1891 et 1892, ainsi qu’« Anotc kekon » ou « [Mélanges] », un appendice à la grammaire, en 1893.